Клинические проявления муковисцидоза не являются патогномоничными, они полиморфны. Заподозрить муковисцидоз у ребенка позволяет прогрессирующее течение хронического воспалительного процесса в бронхолегочной системе в сочетании с патологией желудочно-кишечного тракта, преимущественно поджелудочной железы, желчевыводящих путей и кишечника. При детальном расспросе часто выявляются отягощенная наследственность, отставание в физическом развитии от своих одногодков. Особенное внимание нужно обратить на выявление среди родственников больного (братьев, сестер, дядей, тетей и др.) лиц, которые в раннем детстве болели непроходимостью кишечника или имели стойкий понос, а также хронические болезни органов дыхания, лихорадку неясного генеза, в том числе таких родственников, которые умерли от указанных причин.
Потовая проба (исследование электролитов пота) — пилокарпиновый тест Гибсона и Кука — является "золотым стандартом" диагностики муковисцидоза. Суть пробы состоит в стимуляции потовыделительной функции кожи электрофорезом с пилокарпином и последующем количественном определении хлоридов пота.
Электрофорез солянокислого пилокарпина проводится в области предплечья, сила электрического тока — 3 мА. После очистки кожи дистиллированной водой пот собирают с помощью фильтровальной бумаги, которая кладется на стимулируемый электрофорезом участок кожи. Бумагу сверху прикрывают полиэтиленовой салфеткой или марлей для предупреждения испарения пота. Через 30—60 мин фильтровальную бумагу переносят в конверт, взвешивают, а затем кладут в колбу, которая содержит 50 мл дистиллированной воды. Через 24 ч фильтр выжимают на стенках колбы и удаляют. В жидкости, которая осталась в колбе, определяют содержание хлоридов и натрия. При концентрации хлоридов свыше 60 ммоль/л (или мэкв/л) диагноз "муковисцидоз" считается достоверным, при концентрации хлоридов 40-60 ммоль/л — сомнительным. Отрицательной считается проба при концентрации хлоридов менее 40 ммоль/л. Диагностическую ценность имеет положительный результат двух- или трехразового исследования пота с интервалом между исследованиями в 2 нед при наличии минимального количества пота 100 мг.
При легочных проявлениях муковисцидоза методы рентгенологической и инструментальной диагностики выявляют косвенные признаки заболевания.
При рентгенологическом исследовании органов грудной клетки наиболее характерными признаками являются:

1. усиление и тяжистость легочного рисунка за счет перибронхиальных изменений интерстиция;
2. расширение корней легких;
3. дольковые, субсегментарные или даже сегментарные ателектазы легких;
4. повышенная прозрачность легких, преимущественно в верхних отделах, низкое стояние куполов и недостаточная подвижность диафрагмы, расширение ретростернального пространства (признаки эмфиземы легких);
5. сегментарная или полисегментарная инфильтрация легочной ткани (при развитии пневмонии);
6. сердце имеет вид капли, как бы "висит" на сосудах.

При бронхоскопическом исследовании выявляются признаки слизисто- гнойного или гнойного эндобронхита. Бронхиальный секрет очень густой, тяжело отсасывается. Характерным является выявление гнойных пробок и фибринозных наслоений в участке слизистой оболочки, прилежащей к трахеобронхиальным лимфатическим узлам, и на внутренней поверхности главных бронхов.
Методом бронхографии часто определяются цилиндрические или смешанные бронхоэктазы, преимущественно в нижних долях легких.
Эходопмеркардиография применяется для диагностики гипертрофии правого желудочка сердца и легочной гипертензии.
При исследовании функции внешнего дыхания методом спирографии с регистрацией кривой "поток—объем" форсированного дыхания уже на ранних стадиях заболевания сначала выявляются признаки легочной недостаточности по обструктивному типу: снижение ОФВ1, индекса Тиффно, скоростных показателей выдоха. Позже при прогрессировании заболевания определяются признаки смешанного типа легочной недостаточности со значительным снижением ЖЕЛ.
Диагноз "муковисцидоз" в настоящее время базируется на следующих диагностических критериях. Основным считается увеличение концентрации ионов хлора в секрете потовых желез — более 60 ммоль/л или мэкв/л в пилокарпиновом тесте Гибсона и Кука. Необходимо сочетание этого критерия с установленным диагнозом муковисцидоза у близких родственников (родство не далее двоюродной сестры или брата) или с одним и более характерными изменениями фенотипа. К последним относятся:

1.  
   1. Хроническое заболевание дыхательной системы, которое манифестируется как:
2. хронически кашель с выделением вязкой мокроты;
3. персистирующая колонизация/инфекция дыхательных путей типичными для муковисцидоза микроорганизмами — Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa и Burkholderia cepacia;
4. бронхиальная обструкция;
5. носовые полипы, синусит или рентгенологические изменения в придаточных пазухах носа;
6. деформация дистальных фаланг пальцев в виде барабанных палочек.
7. Изменения в органах пищеварения:
8. в кишечнике — мекониевый илеус, синдром обструкции дистальных отделов тонкой кишки (эквивалент мекониевого илеуса), выпадение прямой кишки;
9. в поджелудочной железе — панкреатическая недостаточность с типичными изменениями испражнений;
10. в печени — клинические или гистологические проявления фокального билиарного цирроза или мультилобулярного цирроза;
11. нарушения пищеварительного статуса — проявления недостаточного усвоения пиши (дефицит массы и длины тела относительно должных соответственно возрасту величин);
12. гипопротеинемия с отеками и анемией, вторичный дефицит жирорастворимых витаминов;
13. Синдром острой потери соли, хронический метаболический алкалоз.
14. Обструктивная азооспермия у мужчин, связанная с врожденной билатеральной аплазией семявыносяшего протока.

Эти критерии позволяют поставить точный диагноз в 95% случаев заболевания у детей и взрослых. Генетический анализ проводится у пациентов с подозрением на муковисцидоз, но не имеющих классических диагностических критериев. Анализ крови или иных образцов ДНК на мажорные мутации гена муковисцидоза — наиболее чувствительный и специфический тест диагностики.
Актуальной в настоящее время является пренатальная диагностика муковисцидоза — проводится определение изоэнзимов щелочной фосфатазы в околоплодных водах, начиная с 18—20 нед беременности.