Недавно Всемирной организацией здравоохранения была одобрена к применению процедура молекулярной диагностики Mycobacteriumtuberculosis. Тест-система Xpert MTB/RIF была одобрена для использования при работе с материалами от пациентов вне зависимости от их вида, в то время как тест-система GenoType MTBDRplus (версия 1) была одобрена для использования только при работе с положительными по мазку материалами от пациентов. В ходе данного исследования мы оценили диагностическую ценность тест-систем Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (версия 2) при работе с положительными по мазку и отрицательными по мазку образцами пациентов, переданными в диагностическую лабораторию с высокой пропускной способностью. Всего новыми молекулярными тест-системами было исследовано 282 образца, их характеристики оценивались в сравнении с применяемыми диагностическими стандартами. Было выявлено, что обе тест-системы обладают схожими диагностическими свойствами. Чувствительность тест-систем GenoType MTBDRplus (в 2.0) и Xpert MTB/RIF в процессе обнаружения М. tuberculosisсоставила 73,1% и 71,2% соответственно, в то время как специфичность обеих тест-систем составила 100%. Обе тест- системы смогли обнаружить присутствие М. tuberculosisв 57-58% отрицательных по мазку пробах пациентов, что позволяет предположить, что характеристики тест-систем зависели от бактериальной нагрузки. Обнаружение М. tuberculosisв отрицательных по культуре образцах подтвердило тот факт, что молекулярные тест-системы не должны использоваться для наблюдения за ходом лечения. Чувствительность обеих тест-систем в отношении обнаружения резистентности к рифампицииу составила 100%; однако применяя тест-систему GenoType MTBDRplus (в 2.0) можно получить дополнительную информацию в отношении восприимчивости к иониазидам. Тест-систему GenoType MTBDRplus (в2.0) можно использовать вместе с системой Xpert MTB/RIF для оценки резистентности к рифампицину и получения информации относительно восприимчивости к изониазидам. Кроме того, использование тест-системы GenoType MTBDRplus (в2.0) позволит получить фармакогенетическую информацию, которая может иметь очень важное значения в процессе лечения пациентов.

Микроскопия мокроты - это наиболее распространенный метод обнаружения туберкулеза (ТБ) в странах с высокой распространенностью данного заболевания (29), однако эффективность данного метода низкая, и с его использованием заболевание удается обнаружить только в 56-68% случаев (2%). Этот показатель уменьшается до 43-51% у пациентов, инфицированных вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) (7), что часто приводит к развитию заболевания при малом количестве бактерий (23). По данным 2010 года, 2 миллиона из 5,8 миллионов (34,4%) случаев заболеваемости ТБ по всему миру сопровождались отрицательными результатами мазков (30). С целью увеличения чувствительности и специфичности методов выявления ТБ очень важное значение имеет разработка новых быстрых и надежных методов диагностики (29). За последнее десятилетие культуральные методы были значительно улучшены и стали «золотым стандартом» диагностики ТБ. Однако время до получения положительных результатов зависит от степени репликации Mycobacteriumtuberculosis, а также бактериальной нагрузки образца, которая может быть низкой в образцах мокроты, взятых у пациентов с ВИЧ (9). Это означает, что время до получения результата может варьироваться от нескольких недель до нескольких месяцев (20.22). Более того, требуется проведение дополнительного теста для подтверждения наличия М. tuberculosis. Для сокращения периода времени, необходимого для диагностики, были разработаны молекулярные тесты с целью как диагностики наличия комплекса M.tuberculosis, так и обнаружения мутаций, приводящих к развитию резистентности к наиболее широко распространенным противотуберкулезным препаратам, а именно изониазиду (INH) и/или рифампину (RIF) (3). В 2008 году использование тест-системы GenoType MTBDRplus (версия 1.0) было одобрено Всемирной организацией здравоохранения е (31). Тест-система GenoType MTBDRplus (в1.0) используется для быстрого обнаружения комплекса М. tuberculosisи его чувствительности к воздействию RIF и INH (6). Однако данный тест позволяет получить эффективные результаты только в 14-16% (3) случаев при работе с отрицательными по мазку образцами пациентов.
По этой причине данная версия тест-системы используется только при работе с положительными по мазку образцами пациентов. Если результаты мазка отрицательные, вышеназванную тест-систему можно использовать при работе с соответствующим изолятом культуры микроорганизма, если культура положительна на наличие
кислотоустойчивых микобактерий (КУМ).
В 2010 году использование системы Xpert MTB/RIF было одобрено Всемирной организацией здравоохранения для работы с материалом от пациентов в независимости от результатов микроскопического исследования (27). Данная тест-система позволяет быстро обнаруживать изоляты комплекса М. tuberculosisс чувствительностью 95% при работе с положительными по мазку образцами пациентов и 55% при работе с отрицательными по мазку образцами пациентов (24) В настоящее время тест-система Xpert MTB/RIF часто рекомендуется как первичный метод диагностики. Кроме того, использование данной тест-системы позволяет быстро обнаружить резистентность к RIF как показателя ТВ с множественной лекарственной устойчивостью (MDR-TB) (несмотря на то, что было получено несколько ложноположительных результатов в отношении резистентности к RIF) (2, 25) и поэтому требует проведения дополнительных испытаний на резистентность к лекарственным препаратам. В большинстве случаев для этого требуется проведение испытаний с использованием культур микроорганизмов с достаточно длительным периодом времени (20). Последовательное использование обеих молекулярных тест-систем позволит сэкономить затраты в ходе выполнения национальной программы по борьбе с туберкулезом вследствие уменьшения сроков диагностики, что в свою очередь позволит на ранней стадии обнаруживать лекарственно чувствительный и устойчивый ТВ и подбирать наиболее оптимальные схемы лечения. Также ожидается, что ранняя диагностика значительно повлияет на результаты проведения лечения.
В ходе данного исследования мы исследовали диагностические характеристики тест-систем Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (в2.0) в сравнении со стандартными методами диагностики в крупной лаборатории по изучению туберкулеза в Южной Африке.

Материалы и методы

Место проведения исследования. Данное исследование проводилось в референсной лаборатории Службы Лабораторий Системы Национального Здравоохранения (NHLS) в провинции Западный Кейп в Грин Пойнте, Кейптаун, Южная Африка. Проведение данного исследования было одобрено Комитетом по этике проведения исследований в сфере здравоохранения Стелленбошского университета.
Стандартные методы диагностики. В ходе использования рутинных методов диагностики исследуется мокрота, культуры микроорганизмов выделенные из клинических образцов пациентов, а также определяется их чувствительность с использованием тест- системы GenoType MTBDRplus (в 1.0) (компания «Хейн Лайф Сайенсис», Германия). Обработка мокроты и все манипуляции с ней проводятся в ламинарных боксах II класса биологической безопасности, а стандартные лабораторные тесты проводятся в соответствии с вышеописанными процедурами (3). Образцы проходят ежедневную процедуру деконтаминации с применением N-ацетил-L- цистеин-гидроксида натрия (NaOH-NALC; окончательная концентрация 1%), в соответствии с рекомендациями Центра по контролю и профилактике заболеваний (CDC) (14). Затем каждый осадок ресуспензируется приблизительно в 2,0 мл фосфатного буфера (pH 6,8). Аликвотная проба концентрированного осадка объемом 0,05 мл используется для микроскопии мокроты с флуоресцентным методом окрашивания аурамином О (7) в сочетании со светодиодным методом с целью увеличения чувствительности обнаружения КУМ (16). Аликвотная проба концентрированного осадка объемом 0,5 мл засевается в среду MGIT. Если первоначальный образец давал положительные результаты по мазку, то ДНК получали из аликвотной пробы объемом 0,5 мл с помощью прогревания в течение 15 минут при температуре 95°С, а затем обработки ультразвуком в течение 20 минут. Штаммы и мутации ДНК комплекса М. tuberculosis, подтверждающие наличие резистентности к INH и RIF, обнаруживались с использованием тест-систем GenoType MTBDRplus (в 1.0) и (3, 31) непосредственно из деконтаминированных образцов (с положительными результатами по мазку) или из культур MGIT с положительными показателями КУМ (с отрицательными результатами по мазку). Все тесты с использованием вышеупомянутых тест-систем проходили в соответствии со стандартами ISO 15189, которые требуют использования лабораторного штамма H37Rv М. tuberculosisиз американской коллекции типовых культур (АТСС) для осуществления положительного контроля. Отрицательный контроль осуществлялся с целью определения степени контаминации. Лаборатория участвует в Программе внешнего обеспечения контроля качества (EQA) Подразделения обеспечения качества NHLS, в программе EQA Национальной лабораторпии по изучению туберкулеза (NTBRL) и в программе EQA Совета медицинских исследований (MRC). Со времени начала участия в этих программах в 2008 году все полученные результаты на 100% соответствуют требованиям этих программ EQA в отношении проведения испытаний.
Оценка диагностических свойств. В ходе данного исследования в течение двух рабочих дней были взяты 282 пробы пациентов с туберкулезом, проходящих повторное лечение.Пациенты, проходящие повторное лечение, были выбраны, исходя из того, что они находятся в группе повышенного риска развития резистентности к лекарственным препаратам (15). Каждый образец тестировался, как рутинная лабораторная проба.
Небольшой объем 0,01%-ного солевого раствора твин 80 был добавлен к осадку деконтаминированного образца с целью доведения конечного объема образца до 1,5 мл. Затем полученная суспензия встряхивалась с целью гомогенизации КУМ, что позволяло добиться надлежащего качества используемого образца. После встряхивания образец разделялся на две одинаковые аликвотные пробы (700 мкл). Одна аликвотная проба обрабатывалась в соответствии с инструкцией Xpert MTB/RIF (картридж версия 3). Таким образом, два вида концентрации лизирующего буфера были добавлены в каждый из образцов и перемешаны. После инкубации при комнатной температуре в течение 5 минут суспензия была перемешана и затем подвергнута дальнейшей инкубации на протяжении 10 минут. Затем 2 мл лизата были добавлены в промаркированный картридж и помещены в прибор GX16. Результаты для первой партии, состоящей из 16 образцов, были получены примерно через 2 часа. ДНК были получены из оставшейся аликвотной пробы с использованием системы GenoLyse в соответствии с инструкциями производителя с целью получения гибридизации с использованием тест-системы GenoType MTBDRplus (в 2.0)
Вкратце, 700 мкл обеззараженного образца центрифугировались в течение 15 минут при 10000 х г, а осадок был повторно растворен в 100 мкл лизирующего буфера и инкубировался в течение 5 минут при температуре 95°С. Затем 100 мкл нейтрализующего буфера добавлялись к лизату, перемешивались и центрифугировались на полной скорости в течение 5 минут. Верхние 100 мкл надосадочной жидкости переливались в чистую 1,5-мл пробирку и использовались для ПЦР, а остаток не использовался. ПЦР-смесь приготовлялась с помощью перемешивания 10 мкл смеси для амплификации А (АМ- А) (которая содержит 10-кратный буфер 10Х, смесь нуклеотидов и ДНК-полимеразу) и 35 мкл смеси для амплификации В (АМ-В) (которая содержит MgC12, биотинилированные праймеры и краситель), после чего добавлялись 5 мкл GenoLyse-очищенных ДНК. ПЦР-амплификация при использовании тест-системы GenoType MTBDRplus (в2.0) проводилась с учетом программы ПЦР, рекомендованной производителем. После ПЦР-амплификации проводилась обратная гибридизация и изучение результатов гибридизации, как упоминалось выше (3). Данные результаты были получены через 48 часов после доставки образца.
Статистический анализ. Статистический анализ проводился с использованием программного обеспечения EPI Info (Центр по контролю заболеваемости, Атланта, Джорджия). Чувствительность, специфичность, а также положительные и отрицательные прогностические показатели рассчитывались дм каждого метода и сравнивались с показателями, применяющимися при использовании мокроты, культур MGIT и тест-системы GenoType MTBDRplus (в 1.0).

Результаты

Из 282 образцов мокроты, анализируемых с применением стандартных диагностических процедур, в семи образцах были выявлены инструментальные погрешности при использовании тест- системы Xpert MTB/RIF. Шесть из них показали такие результаты вследствие «ошибки в ходе проведения теста», а один - вследствие того, что «не удалось обнаружить движение клапана». После исключения этих образцов общее их количество было уменьшено до 275. В двадцати одном из 22 образцов с положительными результатами мазков и наличия культур микроорганизмов было подтверждено наличие комплекса М. tuberculosisпри использовании тест-системы GenoType MTBDRplus (в 1.0). В оставшемся образце с положительным результатом мазка и наличием культур микроорганизмов было обнаружено наличие Mycobacteriumkansasii. Что касается образцов с отрицательными результатами мазков, то в 18,5% из них (46/248) было выявлено наличие КУМ, и в 67,4% (31/46) из них было подтверждено наличие комплекса М. tuberculosis. Все остальные 15 образцов с наличием культур микроорганизмов классифицировались как образцы, в которых не было обнаружено присутствие М. tuberculosisпри окраске по методу Циля-Нильсена, так как присутствие бактерий не удалось выявить никаким из методов, в том числе с использованием тест-систем СМ/AS (компания «Хейн Лайфсайенс», Нерен, Германия) (данные не прндставлены). Из 52 образцов (18,9%), в которых было обнаружено наличие комплекса М. tuberculosis, (51 при использовании тест-системы GenoType MTBDRplus (в1.0) и 1 с использованием системы Capilia), 71% (37/52) и 73% (38/52) были обнаружены с применением тест-систем Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (в2.0) соответственно. Тест-система GenoType MTBDRplus (в2.0) выявила все микобактерии с положительными результатами мазков и культурами микроорганизмов, в то время как тест-система Xpert MTB/RIF обнаружила 19/21 (90,5%) таких микобактерий . Уровень выявления комплекса М. tuberculosisдля образцов с отрицательными результатами мазков и наличием культур микроорганизмов составил 18/31 (58%) и 17/31 (56,6%) для систем Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (в 2.0) соответственно. Средние время получения положительных результатов составило 27 дней (от 10 до 37 дней). В таблице 1 показаны параметры двух тест-систем в отношении результатов мазков и наличия культур микроорганизмов, а также обнаружения комплексам tuberculosis.
Использование тест-систем Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (в2.0) позволило выявить наличие комплексам tuberculosisв 5 и 10 образцах без наличия культур микроорганизмов соответственно. Обзор информации по пациентам из системы управления лабораторными данными показал, что у всех этих пациентов взятие образцов производилось в течение последнего года, что подтверждает тот факт, что исследуемые образцы собирались не для диагностики, а скорее для наблюдения за реакцией на лечение.

ТАБЛИЦА 1 Характеристика тест-систем Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (в2.0) в сочетании с использованием комплекта оборудования GenoLyse в сравнении с результатами исследования мазков и наличия культур микроорганизмов

а МТВ+, Наличие комплекса Mycobacteriumtuberculosis', МТВ', Отсутствие комплекса Mycobacteriumtuberculosis
b 95% ДИ, 95% Доверительный интервал; ППП, Положительные прогностические показатели; ОПП, Отрицательные прогностические показатели.
с Результаты анализа мокроты использовались в качестве «золотого стандарта».
d Результаты наличия культур микроорганизмов использовались в качестве «золотого стандарта».

Результаты в отношении чувствительности к воздействию лекарственных препаратов были получены в отношении 51 из 52 образцов с наличием М. tuberculosisс использованием тест-системы GenoType MTBDR-plus (в1.0): 9,8% (5/51) были устойчивы к комплексному воздействию лекарственных препаратов, 1,96% (1/51) были устойчивы к воздействию только R1F, 1,96% (1/51) были устойчивы только к воздействию INH и 86,3% (44/51) были чувствительны к воздействию и RIF, INH. В таблицах 2 и 3 показаны параметры двух тест-систем в отношении обнаружения мутаций, подтверждающих резистентность к RIF и INH соответственно, по сравнению со стандартными методами диагностики.

Обсуждение

Это первое исследование, направленное на сравнение диагностических характеристик двух методов молекулярной диагностики ТБ по сравнению со стандартными методами диагностики, используемыми в крупных диагностических лабораториях. В этих стандартных лабораторных условиях тест-системы Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (в 2.0) показали чувствительность 71,2% и 73,1% соответственно и специфичность 100%, что подтверждало результаты предыдущих исследований с использованием тест-системы Xpert MTB/RIF (5, 8, ! 1). Общая чувствительность тест-систем в значительной степени определялась тем фактом, что ДНК комплекса М. t uberculosis не обнаруживалось в 23,5% образцов с наличием культур микроорганизмов. Этот факт также подтверждает время получения положительных результатов в отношении этих образцов. Таким образом, можно сделать вывод, что количество бактерий в этих образцах было ниже предела обнаружения (динамический диапазон) в отношении как молекулярных тестов, так и тестов на наличие культур микроорганизмов (4,10).
В ходе использования обеих тест-систем удалось обнаружить наличие ДНК комплекса М. tuberculosisв большинстве образцов с положительными результатами мазков, а также в 56-58% образцов с отрицательными результатами мазков и наличием культур микроорганизмов. Данное увеличение числа случаев диагностики ТВ составило 32,6% и 34,6% при использовании тест-систем GenoType MTBDRplus (в2.0) и Xpert MTB/RIF соответственно в ходе данного исследования (3).

Таблица 2 Характеристика тест-систем Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (в2.0) в сочетании с использованием комплекта оборудования GenoLyse при исследовании чувствительности к RIF

а S, восприимчивость; R, резистентность; МТВ', Отсутствие комплекса Mycobacteriumtuberculosis.
bПри использовании системы GenoType MTBDRplus (в 1.0).
c 95% ДИ, 95% доверительный интервал; ППП, Положительные прогностические показатели; ОПП, Отрицательные прогностические показатели.

ТАБЛИЦА 3 Характеристика тест-систем Xpert MTB/RIF и GenoType MTBDRplus (в2.0) в сочетании с использованием комплекта оборудования GenoLyse при исследовании чувствительности к INH

a - Система Xpert MTB/RIF показала специфичность только в отношении RIF. Поэтому не приводятся результаты в отношении восприимчивости к INH. В, восприимчивость; Р, резистентность; МТВ', Отсутствие комплекса Mycobacteriumtuberculosis.
b При использовании системы GenoType MTBDRplus (в1.0).
с 95% ДИ, 95% доверительный интервал; ППП, Положительные прогностические показатели; ОПП, Отрицательные прогностические показатели.

Это подтверждает возможность использования обоих этих методов как первоначальных методов выявления наличия комплекса М. tuberculosis. Три случая ТБ с резистентностью к комплексному воздействию лекарственных препаратов не были выявлены в группе образцов с наличием культур микроорганизмов, предположительно, это было результатом того, что количество бактерий было ниже предела обнаружения.
Оба теста показали возможность ложной диагностики наличия ДНК комплекса М. Tuberculosisв образцах без наличия культур микроорганизмов. Ранее данный феномен упоминался в различных исследованиях и объяснялся амплификацией ДНК, высвобождаемых из нежизнеспособных бактерий в образцах мокроты (1,12,13,17-19). Кроме того, наличие комплекса М. tuberculosisв этих образцах может объясняться исходя из вероятности их контаминации в лабораторных условиях (13), ошибками вследствие использования для диагностики образцов, которые предназначены для наблюдения за процессом проведения лечения. Мы поддерживаем последнюю точку зрения, так как имеющиеся данные подтверждают тот факт, что все эти образцы забирались у пациентов, у которых ранее производился забор образцов в целях диагностики, что позволяет предположить, что эти пациенты или проходят лечение, или ранее проходили лечение и что положительные результаты тестов указывают на присутствие мертвых бактерий, принимая во внимание невозможность их роста в пробирке MGIT (1, 12, 13, 17-19). Полученные данные подтверждают предположение о том, что молекулярные тесты не должны использоваться для наблюдения за ходом проведения лечения (18).
Тест-система Xpert MTB/RIF позволила значительно сократить время выявления наличия ДНК комплекса М. tuberculosis. Однако не следует упускать из внимания количество тест-систем Xpert MTB/RIF, необходимое для лабораторий с целью достижение тех же результатов тестов, что и при использовании автоматизированной тест-системы GenoType MTBDRplus. Наиболее важное преимущество системы GenoType MTBDRplus (в2.0) заключается в ее высокой чувствительности и способности определять чувствительность к INH. Данные характеристики позволять усовершенствовать процесс диагностики в условиях крупной лаборатории посредством как увеличения общего количества случаев диагностики (включая образцы с отрицательными результатами мазков), так и за счет сокращения времени диагностики. Если используется система Xpert MTB/RIF, то резистентность к воздействию RIF можно быстро определить с помощью системы GenoType MTBDRplus (в 2.0) вне зависимости от типа образцов и без необходимости предварительного культивирования. Аналогично чувствительность к INH можно быстро определить после идентификации образцов, чувствительных к воздействию RIF, с помощью системы Xpert MTB/RIF. Исходя из лабораторных данных (неопубликованных данных), 86% резистентных к воздействию лекарственных препаратов изолятов приводили к развитию резистентности к воздействию INH, что говорит о необходимости установления степени устойчивости к INH (21). Учитывая этот факт, высказывается предположение о том, что резистентность к RIF должна определяться с помощью системы GenoType MTBDR-plus (в 2.0), после чего может быть использована система GenoType MTBDRsl (на втором этапе) с целью выявления ТБ, устойчивого к комплексному воздействию лекарственных препаратов, что позволит значительно усовершенствовать процесс диагностики. Ограничением данного исследования можно считать тот факт, что можно было бы получить лучшие результаты, если бы остаточные материалы образцов использовались сразу после проведения процедуры обеззараживания, так как процессы растворения, гомогенизации и распада могли привести к получению недостаточного количества бактерий для проведения испытаний, в результате чего два образца с положительными результатами мазков и наличием культур микроорганизмов не были выявлены при использовании системы Xpert MTB/RIF.

В целом можно сделать вывод, что система GenoType MTBDRplus (в2.0) может сократить время постановки диагноза ТБ, а также выявления резистентности к лекарственным препаратам при иследовании образцов взятых у пациентов с ВИЧ с отрицательными результатами исследования мазков. Кроме того, данная система может использоваться как дополнение к системе Xpert MTB/RIF с целью выявления резистентности к RIF при исследовании образцов с положительными и отрицательными результатами мазков, что позволит также получить информацию о чувствительности к воздействию INH, а также фармакогенетическую информацию, которая может иметь очень важное значение в процессе проведения лечения пациентов (26).

Литература
1.    Al-Zamel FA. 2009. Detection and diagnosis of Mycobacterium tubercu-'losis. Expert Rev. Anti Infect. Ther. 7:1099-1108.
2.    Armand S, Vanhuls P, Delcroix G, Courcol R, Lemaitre N. 2011. Comparison of the Xpert MTB/RIF test with an IS6iiO-TaqMan real-time PCR assayfor direct detectionofMycobacterium tuberculosis inrespiratory and nonrespiratory specimens. J. Clin. Microbiol. 49:1772-1776.
3.    Barnard M, Albert H, Coetzee G, O'Brien R, Bosman ME. 2008. Rapid molecular screening for multidrug-resistant tuberculosis in a high-volume public health laboratory inSouth Africa. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 177:787-792.
4.    Blakemore R, et al. 2010. Evaluation of the analytical performance of (he Xpert MTB/RIF assay. J. Clin. Microbiol. 48:2495-2501.
5.    Boehme CC, et al. 2010. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. N. Engl. J. Med. 363:1005-1015.
6.    Bwanga F, Hoffner S, Haile M, Joloba ML. 2009. Direct susceptibility testing for multi drug resistant tuberculosis: a meta-analysis. BMC Infect.
Dis. 9:67. doi: 10.1186/1471-2334-9-67.
7.    Cattamanchi A, et al. 2009. Sensitivity of direct versus concentrated sputum smear microscopy in HIV-infected patients suspected of having pulmonary tuberculosis. BMC Infect. Dis. 9:53. doi: 10.1186/1471-2334-9-53.
8.         Crudu V, et al. 2012. First evaluation ofanimproved assayfor molecular genetic detection of tuberculosis as well as rifampin and isoniazid resistances. J. Clin. Microbiol. 50:1264-1269.
9.         Davies GR. 2010. Early clinical development of anti-tuberculosis drugs: science, statistics and sterilizing activity. Tuberculosis (Edinb.) 90:171-176.
10.       Foundation for Innovative New Diagnostics. 2009. Drug resistant ТВ and new diagnostics for people living with HIV: emerging results from FIND 2009. Foundation for Innovative New Diagnostics, Geneva, Switzerland.
www.stoptb.org/wg/tb_hiv/assets/documents/DRUGRE~ i .PDF. Accessed 26 May2011.
11.       Hillemann D, Rusch-Gerdes S, Boehme C, Richter E. 2011. Rapid molecular detection of extrapulmonary tuberculosis by the automated GeneXpert MTB/RIF system. J. Clin. Microbiol. 49:1202-1205.
12.       Ichiyama S, Suzuki K. 2005. Clinical application of testing methods on acid-fast bacteria. Kekkaku 80:95-111. (In Japanese.) Barnard et al.

13.       Kaul KL. 2001. Molecular detection of Mycobacterium tuberculosis: impact on patient care. Clin. Chem. 47:1553-1558.
14.       Kent PT, Kubica GP. 1985. Public health mycobacteriology, a guide for the level III laboratory, publication no 86-216546. CDC, Atlanta, GA.
15.       Marahatta SB. 2010. Multi-drug resistant tuberculosis burden and risk factors: an update. Kathmandu Univ. Med. J. 8:116-125.
16.       Marais BJ, et al. 2008. Use of light-emitting diode fluorescence micros-copy to detect acid-fast bacilli in sputum. Clin. Infect. Dis. 47:203-
207.
17.       Miller MB, Popowitch EB, Backlund MG, Ager EP. 2011. Performance of Xpert MTB/RIF RUO assay and IS6iiO real-time PCR for Mycobacte-rium tuberculosis detection in clinical samples. J. Clin. Microbiol. 49: 3458-3462.
18.       Miotto P, Bigoni S, Migliori GB, Matteelli A, Cirillo DM.
2012. Early tuberculosis treatment monitoring by Xpert MTB/RIF. Eur. Respir.J. 39: 1269-1271.
19.       Rachow A, et al. 2011. Rapid and accurate detection of Mycobacterium tuberculosis in sputum samples by Cepheid Xpert MTB/RIF assay a clinical validation study. PLoS One 6:e20458. doi:10.1371/joumal- .pone.0020458.
20.       Richter E, Rusch-Gerdes S, Hillemann D. 2009. Drug- susceptibility testing in ТВ: current status and future prospects. Expert Rev. Respir. Med. 3:497-510.
21.       Smith SE, Kurbatova EV, Cavanaugh JS, Cegielski JP. 2012. Global isoniazid resistance patterns in rifampin-resistant and rifampin- susceptible tuberculosis. Int. J. Tuberc. Lung Dis. 16:203-205.
22.       Sreeramareddy CT, Panduru KV, Menten J, Van den EJ.
2009. Time delays in diagnosis of pulmonary tuberculosis: a systematic review of lit-erature. BMC Infect. Dis. 9:91. doi:10.1186/1471-2334-9-91.
23.       Steingart KR, et al. 2006. Fluorescence versus conventional sputum smearmicroscopyfortuberculosis: asystematicreview. Lancetlnfect. Dis.6:570-581.
24.       Theron G, et al. 2011. Evaluation of the Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary tuberculosis in a high HIV prevalence setting. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 184:132-140.
25.       Van Rie A, et al. 2012. False-positive rifampicin resistance on Xpert MTB/RIF: case report and clinical implications. Int. J. Tuberc. Lung Dis. 16:206 - 208.
26.       Warren RM, et al. 2009. The clinical relevance of mycobacterial pharma-cogenetics. Tuberculosis (Edinb.) 89:199-202.
27.       World Health Organization. 2011. Rapid implementation of the Xpert MTB/RIF diagnostic test: technical and operational 'how to' practical considerations. World Health Organization, Geneva, Switzerland.
http:/whqlibdoc.who.int/publications/2011/9789241501569 eng.pdf. Accessed 13 January 2012.
28.       World Health Organization. 2009. Global tuberculosis control 2009. World Health         Organization,            Geneva,        Switzerland.
www.who.int/tb/publications/globaS report/2009/en/index.html Accessed 8 August 2011.
29.       World Health Organization. 2011. Global tuberculosis control 2011. World Health         Organization,            Geneva,        Switzerland.
ww\v,whqlibdoc.who.int/publicatk>ns/201 i/9789241564380 eng.pdf Accessed 1 December 2011.
30.       World Health Organization. 2010. Global tuberculosis control 2010. World Health         Organization,            Geneva,        Switzerland.
http://wba.ir!t.tb,pubiications/global_reporl/2010/en/mdex.lHmi Accessed 14 September 2011.
31.       World Health Organization. 2008. Molecular line probe assays for rapid screening of patients at risk of multi-drug resistant tuberculosis (MDR-TB). World Health         Organization,  Geneva,          Switzerland.
http://www.who.int/tb/features_archive/policy_statemetit.pdf. Accessed 27 December 2009.

Выражение признательности

Мы благодарим сотрудников Лаборатории по изучению туберкулеза в Грин Пойнт, без которых проведение данного исследования было бы не возможным.