Материал высевают на питательную среду для выделения возбудителя в чистой культуре и идентификации его вида или типа. Направление исследования определяется преобладанием того или иного возбудителя в материале, выявленного при бактериоскопии.
Отмытые кусочки биологического материала высевают на твердые и жидкие питательные среды. Для роста стафилококков, стрептококков, пневмококков используют кровяной агар, для выделения гемофильной палочки применяют агар с кровью кролика. Для выделения культуры Candidae spp. применяют среду Сабуро с пенициллином, сусло-агар, картофельную воду. Для выделения культуры анаэробных микроорганизмов используют специальные питательные среды и контейнеры, в которых создается атмосфера, не содержащая кислорода.
Для выращивания культуры легионелл, риккетсий, хламидий, микоплазм необходимы специальные питательные среды и другие условия. В практической медицине выделение культур этих возбудителей применяется редко и только в специально оборудованных лабораториях.
При рутинном микробиологическом исследовании материал, высеянный на питательную среду, помещают в термостат при температуре 37 "С. На следующий день проводят микроскопию мазков, окрашенных по Граму и изготовленных из выросших колоний различных микроорганизмов. Затем делают пересев для выделения чистой культуры. После выделения последней на 3-й день проводят идентификацию микроорганизма — определение родовой, видовой и типовой принадлежности на основании изучения комплекса морфологических, тинкториальных, культуральных, ферментативных и антигенных свойств.
При бактериологическом исследовании важно не только выделить культуру патогенного возбудителя, но и определить его серотип или фаготип. Серотипы патогенного возбудителя определяются серологическими реакциями, чаще всего — реакциями агглютинации со специфическими сыворотками. Крупозную пневмонию преимущественно вызывают пневмококки I—III серотипов. Для фаготипирования микроорганизмов применяют специальный набор бактериофагов, которые лизируют только определенные типы микроорганизмов (фаготипы). При нозокомиальной пневмонии наибольшее эпидемическое значение имеет стафилококк 80 и 77 фаготипов.
Для определения потенциальной патогенности микроорганизма, находящегося в биологическом материале, важной является количественная интерпретация полученных результатов исследования. Принцип этого метода заключается в том, что микроорганизмы, являющиеся этиологическими факторами болезни, содержатся в исследуемом материале в большем количестве, чем те, которые его загрязняют или попадают случайно. Потому для определения потенциальной патогенности микроорганизма рассчитается так называемая колониеобразующая единица (КОЕ) — количество колоний микроорганизма, образовавшихся на питательной среде при посеве единицы объема или массы (например, 1 мл или I г) неразведенного биологического материала. Таким образом, КОЕ — это показатель количества жизнеспособных микроорганизмов в единице измерения биологического материала. При оценке результатов микробиологического исследования принимаются во внимание следующие показатели, свидетельствующие о потенциальной патогенности:
•           содержание в жидкости БАЛ определенного вида микроорганизма — в количестве >10" КОЕ/мл;
•           содержание при бронхиальной браш-биопсии (метод "защищенных" щеток) определенного вида микроорганизма — в количестве >103 КОЕ/мл;
•           содержание в мокроте определенного вида микроорганизма — в количестве 106-107 КОЕ/мл.
Концентрация возбудителя до 103 КОЕ/мл мокроты свидетельствует о сопроводительной микрофлоре, которая не имеет патогенного значения, а концентрация 104—106 КОЕ/мл мокроты лишь позволяет допустить возможную этиологическую роль возбудителя.
Достоверный результат патогенности грибов получают после выделения чистой культуры, которая имеет вид белых колоний с запахом дрожжей (при кандидозной инфекции), через 24-48 ч. Диагностическое значение имеет концентрация возбудителя, превышающая 102 КОЕ/мл мокроты.

Определение чувствительности выделенного микроорганизма к антибиотикам

Чувствительность микробов к антибиотикам определяют двумя способами: с помощью бумажных дисков (диско-диффузионный метод) и методом серийных разведений.

Диско-диффузионный метод — самый распространенный стандартизированный метод определения чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам in vitro. Его принцип заключается в измерении на чашке Петри с агаром зоны угнетения роста микроорганизма вокруг диска, содержащего определенное количество антибиотика. В зависимости от размера зоны угнетения роста все штаммы микроорганизма подразделяют на чувствительные, умеренно резистентные и резистентные к данному антибиотику.

Метод серийных разведений заключается в том, что в жидкой или твердой питательной среде готовят различные разведения антибиотиков, сеют на эту среду культуру микроорганизма, хранят в термостате на протяжении суток. Наименьшая концентрация антибиотика в среде, в которой наблюдается полная задержка роста культуры микроорганизма, называется минимальной подавляющей концентрацией (МПК). Последняя определяет степень чувствительности микробов к данному антибиотику. Она измеряется в мкг/мл или мг/мл. В зависимости от величины МПК все штаммы микроорганизма подразделяют на чувствительные, умеренно резистентные и резистентные к конкретному антибактериальному препарату.
В настоящее время используется стандартизированный метод определения чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам in vitro — так называемый Е-тест. Этим методом на чашке Петри с агаром определяют МПК в точке пересечения эллипсовидной зоны угнетения роста микроорганизма вокруг пластиковой полоски Е-теста со специальной шкалой, нанесенной на эту полоску. В соответствии с полученным значением МПК все штаммы микроорганизмов подразделяют на чувствительные, умеренно резистентные и резистентные к определенному антибиотику.